ولعل من الأسرار الأكثر إثارة حول علي محسن الأحمر، والذي نميط النقاب عنه لأول مرة، هو تحوله في منتصف العقد الأول من القرن الواحد والعشرين على صعيد ميادين "الجهاد الإسلامي" إلى لاعب أقليمي يتجاوز دوره في الصومال وأثيوبيا في تسليح عدد من الجماعات المتطرفة، ليتولى تصدير الارهاب الى الساحة العراقية، وبتمويل بلد خليجي.



ففي عام 2006م بدأ وجه ديبلوماسي عراقي يتردد على مجلس علي محسن الأحمر بمنزله في صنعاء، وحينذاك أشيع أن هذا الديبلوماسي الذي يشغل منصب قنصل بسفارة بلاده باليمن كان "يتودد" للواء علي محسن من أجل كف اذى صحيفة يومية "سلفية" يمولها علي محسن، اعتادت على مهاجمة السفير العراقي بصنعاء "طلال العبيدي" باتهامات ذات صبغة مذهبية متصلة بالحوثيين وإيران..



لكن في عام 2007م وبعد مداهمة وكر أحد القيادات الارهابية "مصري الجنسية" بصنعاء، والذي لقي مصرعه خلال الاشتباكات، عثرت الأجهزة الأمنية اليمنية بمنزله على عدد كبير من جوازات السفر العراقية المعدة بصورة أصولية لسفر عناصر إرهابية إلى العراق.. وقد قادت التحريات إلى اكتشاف تنسيق رفيع المستوى بين اللواء علي محسن الأحمر والديبلوماسي العراقي، الذي تبين أنه يتقاضى أموالاً من علي محسن مقابل بيع جوازات سفر عراقية نوع "أس" كان العراق قد باشر سحبها وتغييرها بفئة جديدة لكنها ظلت سارية المفعول.



وعلى خلفية هذه الحادثة قدم إلى صنعاء وفد عراقي برئاسة نائب وزير الداخلية ووكيل الاستخبارات العراقية، بناء على طلب الداخلية اليمنية، وتم اعتقال الديبلوماسي العراقي واثنين آخرين بجانبه واقتيادهم إلى بغداد على متن نفس طائرة الوفد، غير أن مطالباً لبغداد تتعلق باللواء علي محسن الأحمر ماطلت صنعاء في تلبيتها، وسعت الى تسويتها ديبلوماسياً لستر الفضيحة- فجرت الأزمة بين البلدين، وقطعت جسور العلاقة بينهما طوال عامين، حتى قام مؤخراً الرئيس صالح في تسوية المشكلة بعد نجاح صنعاء في إغلاق كل قنوات تجنيد الارهابيين وترحيلهم الى العراق، ومحاكمة عشرات المتهمين، وتسليم العراق ملفات سرية بشأن ذلك- كإثبات لحسن النوايا والتي قابلتها بغداد بالرضا، وتبادل السفراء في 2010م.